Dekretem Biskupa Toruńskiego z 31 sierpnia 1999 roku z macierzystych parafii Apostołów Piotra i Pawła (Toruń Podgórz) oraz Najświętszego Serca Pana Jezusa (Mała Nieszawka) zostaje wydzielona nowa parafia p.w. Błogosławionego Księdza Stefana Wincentego Frelichowskiego.
To pierwsza parafia wśród wspólnot Kościoła Powszechnego, pod wezwaniem Błogosławionego Księdza Stefana Wincentego Frelichowskiego. Nowa parafia należy do dekanatu toruńskiego IV.
Dekret erygujący wszedł w życie 8 września 1999 roku i tego dnia, w Święto Narodzenia Najświętszej Marii Panny, jako mieszkańcy nowej parafii przeżywaliśmy wraz ze swoim Księdzem Proboszczem, Ryszardem Dominem, pierwszą Mszę Św. na placu przeznaczonym pod budowę kościoła.
Kościół parafialny budowany jest przy ulicy Szubińskiej. W swej architektonicznej konstrukcji jest szczególną budowlą. W jej bryle upamiętniono scenerię, w której papież Jan Paweł II dokonał beatyfikacji Patrona.
